Hiện nay, việc thực hiện Thông tư này còn nhiều bất cập cần được nghiên cứu, bổ sung, điều chỉnh như quy định về: quy trình thống nhất cụ thể về tài trợ, viện trợ; quy định trách nhiệm của đơn vị thụ hưởng nguồn tài trợ (thẩm định giá thực tế của tài sản được tài trợ; trách nhiệm quản lý, vận hành sử dụng, thanh lý tài sản tài trợ); trách nhiệm của các bên liên quan trong việc tiếp nhận, tổ chức thực hiện các tài trợ bằng công trình xây dựng (thiết kế, tổ chức thi công, an toàn lao động; giám sát chất lượng công trình; quyết toán công trình... trong khuôn viên nhà trường).
Ngày 13/3/2023, Bộ Giáo dục và Đào tạo đã có văn bản số 972/BGDĐT-VP trả lời kiến nghị cử tri.
Theo đó, Thông tư số 16/2018/TT-BGDĐT ngày 03/8/2018 của Bộ Giáo dục và Đào tạo quy định về tài trợ cho các cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân đã có các quy định cụ thể về quy trình vận động, tiếp nhận, quản lý và sử dụng các khoản tài trợ của các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước cho các cơ sở giáo dục thuộc hệ thống giáo dục quốc dân. Cụ thể: tại Điều 12 và Điều 14 của Thông tư đã quy định rõ trách nhiệm của Thủ trưởng cơ sở giáo dục, trách nhiệm của Hội đồng trường và trách nhiệm của các bên liên quan; tại Điều 6 và Điều 7 của Thông tư đã quy định rõ quy trình tiếp nhận, quản lý và sử dụng các khoản viện trợ bằng tiền, hiện vật và phi vật chất.
Ngoài các quy định về quy trình vận động, tiếp nhận, quản lý và sử dụng các khoản tài trợ tại Thông tư số 16/2018/TT-BGDĐT, các cơ sở giáo dục phải thực hiện các quy định về thẩm định giá, quản lý, vận hành sử dụng thanh lý tài sản tài trợ theo các văn bản pháp luật có liên quan như Luật Xây dựng, Luật Quản lý và sử dụng tài sản công, Luật Giá,...
